Lê Nam Thủy có khả năng kháng bệnh sao đen và luân trùng, các loại sâu bệnh chủ yếu là đốm đen, sâu bột, rầy chổng cánh lê, sâu tim nhỏ lê, v.v. Vào giữa tháng 3, phun hỗn hợp lưu huỳnh đá 5 độ trong thời kỳ nảy mầm của chồi, và phun thuốc diệt nấm và thuốc trừ sâu cứ sau nửa tháng hoặc lâu hơn sau khi nảy mầm. Vào vụ xuân đầu tháng 7, sử dụng polyoxycyanine (polyantimycin) 60 lần để phòng trị bệnh đốm đen có tác dụng đặc biệt. Các loại sâu bệnh cụ thể được phòng trừ kịp thời theo tình hình vườn cây, chú ý luân phiên phun thuốc BVTV.
